长期以来，由于A股市场与海外市场处于隔绝状态，两者的估值体系有着显著的差异。A股市场的小市值股票获得明显的估值溢价，而大盘蓝筹股被低估。随着沪港通试点的落实，两市实现互联互通，将有利于A股市场估值体系对接海外市场，改变估值结构不合理的现状，促进A股市场进一步走向成熟。
目前，A股市场估值体系呈现出两极分化，大盘蓝筹股估值较低，而小股票估值偏高。上交所数据显示，截至2014年10月8日，上证综指静态市盈率为11.6倍，上证50指数市盈率为7.9倍，上证180指数市盈率为8.9倍，上证380指数市盈率为25.5倍，上证150指数市盈率为76.5倍。深交所数据显示，中小板市盈率为42.3倍，创业板为69.8倍。
应当承认，当下A股特殊的估值体系是由多方面因素造成的。首先，以中小企业为主体的新兴产业确实在一定程度上代表了经济转型的方向，且具有较好的成长性，因而一些投资者愿意给予估值溢价。其次，小股票的高估值中部分包含了壳资源的价值。有人用A+H股价价差分析估算，内地A股的“壳资源”价值大概为20亿元人民币。在“壳资源”价值较高和退市制度执行困难的情况下，投资者自然热衷于炒作中小盘股。再次，A股与海外投资者结构的不同，导致投资理念和风格的差异，也对估值体系产生影响。海外投资者更注重价值投资，往往偏好于稳定增长的大市值股票，而A股投资者具有更明显的博弈特征，“炒新”、“炒小”、“炒差”等非理性投资行为一直存在。这导致A股中小盘股的成交活跃度远高于大盘蓝筹股。根据万得数据，年初至今，上证A股市场的平均换手率为296%，其中上证180、上证380和上证150成份股的换手率分别为232%、291%和399%，中小板、创业板的换手率达485%和694%。
反观香港市场，现金流好且盈利稳定的蓝筹股往往能获得较高的估值溢价。港股市场的小盘股（MSCI中国小盘股）相对大盘股（MSCI中国）历史平均折价率达到0.9倍。Capital IQ数据显示，截止2014年10月8日，代表香港蓝筹股的恒生指数静态市盈率为9.0倍。从A+H股的价差来看，也反映出两市的估值体系差异。目前两市共有86只A+H股。从数量上讲H股存在折价的股票占大多数。万得数据显示，以2014年10月8日收盘价计算，57只H股有折价，占比达66%。A+H股的价差根据市值不同呈现明显的结构分化，市值大的公司A股的溢价率往往较低，甚至有折价；市值越小的公司溢价率越高。29只A股折价股的A股市值中位数为693亿元，而A股溢价股A股市值中位数为207亿元。A股溢价最多的为浙江世宝，A股溢价率达到214%，A股市值为49亿元。分行业来看，金融股在港股市场普遍获得溢价而在A股市场有折价，A+H金融股中A股溢价率中位数为-3.4%。这主要是由于港股市场是一个相对成熟开放的市场，且参与者以机构投资者为主，理性程度较高，同时中小盘股的“壳资源”价值很低。
随着沪港通的推进，两地市场将实现互联互通。在资本的双向流动中，相关个股甚至整个市场的估值水平会逐渐靠拢，A股估值的不合理性或将有所降低。对于A股市场而言，一方面，大盘蓝筹股有望获得一定程度的估值修复。以A+H股为例，沪港通试点获批以来，A股折价较大的个股，如鞍钢股份、潍柴动力等，都出现了明显的上涨，与H股价差趋于缩小。
另一方面，A股小股票的估值或将回归更合理的水平。目前香港市场存在大量仙股，即股价低于1港元的股票。截至2014年10月8日，港股主板仙股523只，占主板34%；国企股仙股23只，占国企股12%；红筹股仙股29家，占红筹股22%；蓝筹股无仙股。互联互通后A股小股票的稀缺性将大大降低，从而导致估值水平下降。此外，投资理念的对接、投资者结构的优化也有助于促进A股市场趋于理性，港股的做空机制也有望一定程度遏制“炒新”、“炒小”、“炒差”等非理性的投机行为。随着A股估值体系逐渐与国际接轨，市场趋于成熟，可望进一步吸引更多海外投资者的进入，提升整个A股市场的活力。当然，在一个更加国际化的市场上，投资者也需要与时俱进，更新自己的投资理念，防范变化了的市场风险。