A股市场多年来一直处于较封闭状态，同境外成熟资本市场或新兴资本市场相比，A股市场的估值体系与定价逻辑都较为独特。
沪港通的推出，将有助于进一步推动A股市场对外开放。在确保整体风险可控的前提下，沪港通试点是否推动A股估值体系同境外成熟市场接轨，A股市场估值之路在何方？
A股市场普遍存在大市值股票估值低、中小市值股票估值高的倒挂型结构性差异。
沪港通试点后，沪港市场联动性的增强以及A股定价机制市场化程度的提升，A股估值水平与成熟市场之间的差异将进一步缩小。
沪港通试点中有80多家A+H两地同时上市公司，且沪港市场A/H股中的A股、H股分别是沪股通、港股通的重要投资标的，因此借以A/H股溢价率变化可窥视沪港通试点对A股估值体系的短期差异。
以恒生A/H股溢价指数为例，其发布首日（2007年7月9日）报收133.24点，但从2010年6月中旬开始，该指数一度跌破100点，这意味着A股平均价格水平已与H股基本接轨。沪港通试点消息公布当日（2014年4月10日）该指数为93.69点，23只A股价格低于其H股，68只A股估值水平显著高于其H股，且A/H股溢价率低于1的23只H股市值约占所有A/H公司中H股总市值的87%，从而使A/H股溢价水平呈现出结构性差异，即市值占比相对较高行业的A股价格低于H股，而市值占比较低行业的A股价格高于其H股。
从A/H股涨跌幅来看，试点消息公布当日，估值较高的A股涨幅低于其H股，估值较低的A股涨幅高于其H股。
短期来看，A股市场估值不会发生根本性变化。沪港通消息公布后，A股市场估值体系中的小盘股高估值现象依然存在，市场仍依据先前的定价逻辑与估值规律运行，估值较高的小市值股票仍在大幅上涨、估值较低的大市值股票涨幅相对有限，即短期内A股市场的估值体系并没有发生根本性变化。A/H股估值差异源于A、H股市场流动性差异。
由于沪港通试点方案遵循最小制度成本与本地规则的原则，沪港市场仍保持各自运行制度与规则要求，A/H股因沪港市场交易机制差异引致流动性差异。由于沪港市场仍然相互独立，A/H股流动性差异始终存在，因流动性差异产生的估值差异也会长期存在，并不会因为沪港市场的互联互通机制而完全抹平A/H之间的价差。
从长期来看，沪港通有助于进一步推进沪市对外开放，提升A股市场投资者机构的国际化与机构化程度。
在香港，每日成交总额中超过六成来自大盘蓝筹股，以欧美机构投资者和中国香港本地财团为主的投资者，更加注重企业基本面、内在价值和成长性，且投资者多以长期持有为主。
不同风格的投资主体的引入，势必会推动A股市场估值体系与境外成熟市场接轨。
资金面南北净流向需长期关注。估值的结构性差异为资金流向提供了方向。然而沪港通对资金面的影响不能简单理解为A股市场引来活水，沪股通资金配置主要会集中在估值较低的蓝筹股。同时港股通也为内地资金流向香港市场提供有效途径，香港的部分小盘股（传媒、信息技术等）较A股同类板块估值更有吸引力。
香港投资者投资A股的意愿难以量化，由沪港通带来的增量资金也难以用沪股通的投资上限进行测算，因此资金净流向需长期关注。