11月5日，国务院任免国家工作人员，任命许宁生为复旦大学校长，免去杨玉良的复旦大学校长职务；免去许宁生的中山大学校长职务。
62岁的杨玉良离职十分突然，接任他的许宁生更是毫无准备。
杨玉良本可以再干一届
过去一年来，复旦大学负面事件频出，处于舆论的风口浪尖。院士涉嫌造假，被指谎报科研经费，人工耳蜗涉嫌抄袭事件闹得沸沸扬扬，随后中纪委首次设立专项巡视组对复旦大学进行巡视。纷扰的负面事件让复旦大学如坐针毡，杨玉良作为校长，则首当其冲。
复旦大学相关人士告诉本报记者，其实杨玉良本可以再干一届，他62岁，还是中科院院士，与之相比，前任校长王生洪67岁卸任，并非院士。杨玉良是土生土长的复旦人，2009年1月担任复旦大学校长，任职共5年零九个月。其2003年被选为中国科学院院士。
杨玉良在卸任演说中称，“我痛恨一切形式的贪污腐败，尤其是高校当中的、知识分子的贪污腐败……但是复旦需要发展，我们需要向前看，考虑到大局而有许多事情暂时还没做，也有很多该做而来不及做……我相信‘人在做，天在看’，凡是贪污腐败分子，必定无可逃遁！”杨玉良在讲话中透露，自己向上级领导们做过承诺，会不动声色地配合做好复旦校长的更替工作，但是“此时此刻，没有必要‘不动声色了’”，“也许三五年或者更长的时间以后，自然会有对我的正确评价”。这似乎透露出他的一些无奈。
被塞满的举报箱
在杨玉良突然离职前两周，复旦大学党委刚刚向中纪委提交了一份整改报告。“复旦大学被要求9月底上报，但报告只移送了实验动物部几个人的经济问题，听说有关部门很不满意。”消息人士说，中纪委专项巡视组入驻复旦大学的时候，举报箱被举报者塞满，“得用棍子往里面戳。”
在中央巡视组巡视复旦大学前，复旦大学的王正敏院士被学生王宇澄举报学术造假、学历造假、抄袭国外人工耳蜗技术闹得沸沸扬扬。王宇澄曾告诉本报记者，他和其他几位院士曾给杨玉良写过举报信，但没有获得回复。复旦大学学术委员会公布调查结果称：王正敏的专著和院士申请材料中的确存在学术不规范问题，但不能判断为造假。
与杨玉良卸任几乎同时，10月20日，一个名为“复旦大学良心何在”的话题组在微博上创建，近600条帖子反映复旦大学欺骗2014年新入学研究生，降低《入学手册》上承诺的奖学金金额及每月生活津贴金额，减少幅度超过承诺数额的一半，“承诺的生活补助从2000元变成1200元，每人都有的奖学金从10000元，变成2500元。”
知情人士称，这是因为中央巡视组来了，学校发不了那么多钱。